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Os hábitats protegidos pelo LIC da Baixa Limia-Serra do Xurés indicam-se a seguir (dos hábitats do Anexo I da Diretiva 92/43 CEE):

Código Tipo de hábitat
3 HÁBITATS DE ÁGUA DOCE
31 Águas Estancadas
3110 Águas oligotróficas com um conteúdo de minerais muito baixo das planícies areosas (Littorelletalia uniflorae).
3130 Águas estancadas, oligotróficas ou mesatróficas com vegetação de Littorelletea uniflorae e/ou Nanojuncetea.
3150 Lagos eutróficos naturais com vegetação Magnopotamion ou Hydrocharition.
32 Águas correntes - trchos de cursos de água com dinâmica natural e seminatural (leitos menores, meios e maiores), nos que a qualidade da água não apresenta alterações significativas)
3260 Rios, de pisos de planície a montano com vegetação de Ranunculion fluitantis e de Callitricho-Batrachion.
3270 Cursos de água de margens vasosas com vegetação do Chenopodion rubri p.p. e Bidention p.p.
4 UCEIRAIS E MATAGAL DE ZONA TEMPERADA
4010 Uceirais húmidos atlánticos de zonas templadas de Erica tetralix.
4020 Uceirais húmidos atlânticos de zonas temperadas de Erica tetralix.
4030 Uceirais secos europeus
4090 Uceirais oromediterráneos endémicos com aliaga/tojo
5 MATAGAL ESCLERÓFITO
5230 Matos arborescentes de Laurus nobilis
5330 Matos termo mediterrâneos estépicos
6 FORMAÇÕES HERBÁCEAS NATURAIS E SEMINATURAIS
6160 Prados oro-ibéricos de Festuca indigesta
6230 Formações herbáceas de Nardus, ricas em espécies, em substratos silíceos das zonas montanas (e das zonas submontanas da Europa continental)
6410 Prados con Molinia em solos calcários, turfosos e argilo-limosos (Molinion caeruleae)
6430 Comunidades de ervas altas higrófilas de orlas basais e de pisos montano a alpino
6510 Prados de feno pobres de baixa altitude (Alopecurus pratensis, Sanguisorba officinalis)
7 TURFEIRAS ALTAS, TURFEIRAS BAIXAS (FENS E MIRES) E ÁREAS PANTANOSAS
71 Turfeiras acedas de esfagnos
7110 Turfeiras altas activas
7140 Mires de transisão
7150 Depressões em substratos turfosos do Rhynchosporion
8 HÁBITATS ROCHOSOS E COVAS
82 Pendentes rochosas com vegetação casmofítica
8220 Ladeiras rochosas silícias com vegetação casmofítica
8230 Rochedos siliceos com vegetação pioneira do Sedo-Scleranthion ou do Sedo albi-Veronicion dillenii
9 FLORESTAS
91 Florestas da Europa templada
91E0 Florestas aluviais de Alnus glutinosa e Fraxinus excelsior (Alno-Padion, Alnion incanae, Salicion albae)
9160 Carvalhais pedunculados ou florestas mistas de carvalho com facies subatlânticas européias de Carpion betuli
92 Florestas mediterráneas caducifolias
9230 Carvalhais galaico-portuguesas con Quercus robur e Quercus pyrenaica
9260 Florestas de Castanea sativa
93  
9330 Sobreirais de Quercus suber
9340 Azinheirais de Quercus ilex
9380 Florestas de Ilex aquifolium
95  
9580 Florestas mediterraneas de Taxus baccata